帝丹高中前往京都修学旅行，全班30名学生每人抽签得到一个红色名牌，上面写着不同古建筑名。首日，一名学生被发现死在清水寺舞台，胸前名牌被涂黑。随后每隔一小时就有一人死亡，死亡顺序恰好与抽到的古建筑在“京都十二时辰”中的方位一致。更诡异的是，新一（柯南）被药物暂时恢复身体参与旅行，却发现服部平次、基德甚至黑衣组织成员都伪装成学生混在巴士上。所有线索指向二十年前一场未破的红色血案。凶手留下的最后一张名牌上写的是：工藤新一。
剧场版级别的制作水准，推理密度极高，群像戏精彩。将京都名胜与连续谋杀巧妙结合，最后的反转颠覆了原作时间线设定，老粉惊喜。
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